Cozinhe o rigatoni por 15 minutos, deixando-o "ao dente". Não deixe cozinhar muito, porque senão ficará muito mole e não dará para rechear.
Fazer o molho enquanto o macarrão cozinha, colocando em uma panela a manteiga e a cebola, deixando-a cozinhar um pouco até a maciar.
Adicionar o leite e deixar ferver.
Temperá-lo com as ervas, sal, pimenta reino e noz moscada. Dissolver a farinha em 1/2 copo de água e misturar aos poucos no molho até dar uma engrossada, porém não muito, pois senão seca ao ir no forno.
Misturar os queijos e quando tiver derretido, desligar o fogo e misturar o creme de leite.
Coar a massa e jogar água gelada para interromper o cozimento. Cortar a mussarela em tiras.
Rechear os rigatoni com uma fatia de mussarela e um pedacinho de shitake cada um.
Colocar um pouco do molho no pirex e ir ajeitando o rigatoni, fazendo uma camada.
Colocar mais um pouco de molho por cima e fazer outra camada.
Adicionar o restante de molho por cima e polvilhar com um pouco de queijo parmesão ralado e colocar no forno médio para gratinar durante uns 10 minutos.